欧耧斗菜 AP2/ERF 基因家族鉴定及盐胁迫下表达分析
Identification of AP2/ERF gene family in Aquilegia vulgaris and expression patterns analysis under salt stress
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作者:
王玉凤
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孟缘
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于海航
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崔丁元
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白云
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作者单位:
- 通讯作者:
白云
Email:yunb@jlau.edu.cn
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提交时间:2022-12-29 20:16:09
摘要: AP2/ERF 转录因子在植物生长发育和响应非生物胁迫中发挥着重要的作用。为探 究欧耧斗菜(Aquilegia vulgaris)中 AP2/ERF 对盐胁迫的响应,该研究基于前期试验获得的 盐胁迫下转录组数据,通过生物信息学方法筛选欧耧斗菜 AP2/ERF 家族基因,分析其生化 特征、保守基序、系统进化等,并对其在盐胁迫处理不同时间的根与叶中的表达量变化进行 分析,利用qRT-PCR 技术对候选基因表达量进行验证。结果表明:(1)筛选出86 个AvAP2/ERF 基因,其编码的蛋白质为 154~722 aa,相对分子量为 14 763.3~79 069.47 Da,等电点介于 4.49~9.68 之间,偏酸性蛋白较多,均为亲水性蛋白;对 AvAP2/ERF 蛋白进行亚细胞定位预 测,大多数定位于细胞核。(2)二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,均具有 AP2 保守结 构域,有两个高度保守的基序 Motif 1 和 Motif 2。(3)在盐胁迫下,71 个 AvAP2/ERF 基因 表达量发生变化,其中叶片中差异表达基因 18 个,根中 19 个;欧耧斗菜与拟南芥 AP2/ERF 基因聚类为 5 个亚家族,15 个亚组,通过表达分析及同源关系,确定 3 个响应盐胁迫的基 因 AvAP2/ERF-56、AvAP2/ERF-61 与 AvAP2/ERF-80,其 qRT-PCR 结果与转录组数据一致。 该研究为深入探究欧耧斗菜 AP2/ERF 基因的功能及逆境响应机制奠定了基础。
版本历史
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2022-12-29 20:16:09 |
ChinaXiv:202301.00004V1
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